Uzun zaman bundan öncə xristian kilsəsi həm xarici, həm də daxili düşmənlərdən əziyyət çəkirdi. Daxili düşmənlər dini anlayışların fərqli izahından əmələ gəlirdi. Məsələn, bir sıra insanlar və din xadimləri müqəddəs mətnləri müqəddəs olmadıqlarını iddia edirdilər və s.
Papa III İnnokenti tərəfindən 1215-ci ildə katolik kilsəsinin “İnkvizisiya” adlı kilsə məhkəməsi təsis olunmuşdu. 1229-cu ildə IX Qriqoriy tərəfindən Cənubi Fransada “kafirləri aşkar edən, cəzalandıran və onların qarşısını alan” məhkəmə heyəti yaradılmışdır. 1478-ci ildə kral Ferdinand və kraliça İzabella Papa IV Sikstanın sanksiyasına əsasən ispan inkvizisiyası yaradanda bu institut inkişafının zirvə nöqtəsinə yaxınlaşır.
İnkvizisiyanın əsas məqsədi günahladırılan şəxsin kafirlikdə günahkar olub olmadığını aşkarlamaqdan ibarət idi. 15-ci əsrin sonundan etibarən Avropada adi əhalinin cadugərlərlə saziş bağlamaları haqqında məlumatlar yayılmağa başlayır. Və həmin dövrdə inkvizisiya cadugərlərlə bağlı işlərlə məşğul olmağa başlayır.
1481- 1498-ci illərdə inkvizisiyanın cadugərlərlə bağlı qəbul etdikləri qərarların rəqəmlərlə ifadəsi: təxminən 8 000 insan odda yandırılmış idi; 90 000 nəfər mülkiyyətlərinin müsadirəsinə və kilsə cəzalarına məruz qalmışdılar.
1522-ci ildə V Karl tərəfindən Hollandiyada protestantlar ilə mübarizə üçün İspan inkvizisiyası qüvvəyə minir. Artıq 1523-cü ildə Antverpendə odda ilk iki protestantları yandırmışdılar. Protestantlarla mübarizə üçün ən qəddar və sərt üsullar tətbiq olunurdu. İnkvizisiyanın bəzi qərarları isə tarixin ən qəribə hadisələri kimi tarixə düşüblər. Məsələn, inkvizisiya Hollandiyanın bütün sakinlərinə ölüm hökmü çıxartmışdı. Təbbi ki, bu qanun həyata keçməmişdi.
Hollandiyada İspan inkvizisiyasının tətbiq olunması 1566- 1609-cu illərin Hollandiya inqilabına səbəb olmuşdu. Bu inqilab nəticəsində Hollandiya katoliklər və protestantlar ölkələrinə bölünmüşdülər.
