Zəkiyyə Müslüm qızı Mustafayeva 27 dekabr 1968-ci ildə Bakı şəhərində anadan olub. Ali təhsilini pediatriya ixtisası üzrə 1986-1992-ci illərdə Azərbaycan Tibb Universitetində alıb. Təhsilini 2006-2009-cu illərdə Xəzər Universitetində biznesin təşkili və idarəedilməsi (səhiyyə sahəsində) ixtisası üzrə davam etdirib.
1992-2006-cı illərdə dövlət və özəl tibb müəssisələrində, 2007-2010-cu illərdə Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin “Səhiyyə sektorunda islahatlar” layihəsində müxtəlif vəzifələrdə fəaliyyət göstərib.
2010-2019-cu illərdə Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyinin Aparat rəhbəri, 2019-2020-ci illərdə Azərbaycan Respublikasının Qida Təhlükəsizliyi Agentliyinin Aparat rəhbəri vəzifəsində çalışıb.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 23 iyul 2020-ci il tarixli Sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikasının Qida Təhlükəsizliyi Agentliyinin sədr müavini vəzifəsinə təyin edilib.
Səhiyyə sahəsində səmərəli fəaliyyətinə görə 2013-cü ildə Azərbaycan Respublikasının Səhiyyə naziri tərəfindən “Səhiyyə əlaçısı” döş nişanı, 2016-cı ildə isə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Sərəncamı ilə “Tərəqqi” medalı ilə təltif edilib.
Dövlət qulluğunun baş müşaviridir.
Rus və ingilis dillərini bilir.
Ailəlidir, 2 övladı var.