Bavariyanın ən qədim universiteti XV əsrin ortalarında İnqolıntadt şəhərində Vittelsbax evi tərəfindən yaradılmışdı.
1800-cü ildə fransız qoşunlarının yaratdığı təhlükə səbəbindən universitet dövlətin şərq sərhədinə yaxın Landshut şəhərinə köçürülmüşdü. Yeni əraziyə köçürülmə ilə eyni zamanda universitetin müasirləşməsi də başlanıldı. Görkəmli dövlət xadimi, nazir Maksimilian Cozef Montqelas Bavariya islahatlarında o cümlədən, təhsilində əvəzsiz xidmətlər göstərmiş bir şəxs idi.
1803-cü ildən Bavariyanın ikinci təkmilləşdirilmiş universiteti olaraq Würzburg universiteti çıxış edir. 1803-1806-cı illərdə Fridrix Vilhelm Cozef Şellinq təbii fəlsəfəyə dair məşhur mühazirələrini oxumağa başladı. Məhz Würzburg Universitetində onun tələbəsi və davamçısı olan digər alman filosofu və naturalisti Lorens Oken təhsil almışdı.
1805-ci ildə qraf Montqelas və Napoleon arasında bağlanan müqavilə sayəsində bavariyalı kurfürst (feodal Almaniyada: imperator seçmək hüququna malik olan nüfuzlu knyaz) kral tituluna sahib oldu. Bundan sonra Würzburg Bavariyanın tərkibindən çıxaraq “böyük hersoqluğa” çevrildi. Buna baxmayaraq, krallığın tərkibinə Tirol və Nürnberq daxil idi ki, bu da özlüyündə Bavariyanın İnsbruk və Altdorfdakı universitetləri əldə etməsi demək idi.
Sonuncu, XVII əsrdə Nürnberq vətəndaşlarının təşəbbüsü ilə yaradılmış təhsil ocağı indi yeni Krallığın yeni lüteran subyektlərinin öyrənildiyi universitetə çevrildi. Buna görə də hökümət əvvəllər buranı saxlamağı planlaşdırırdı. Lakin I Maksimilianın 24 sentyabr 1809-cu il qərarı ilə Altdorfdakı universitet bağlanıldı. Nürnberq və Altdorfa yaxın məsafədə yerləşən Erlanqendəki universitet də Bavariyada yeganə lüteran universiteti funksiyasını daşımağı öhdəsinə götürdü.
